《無名九使 覺醒》為第三人稱的敘事動作冒險遊戲，描述一位致知者少女哈魯娜的故事。在哈魯娜身處的世界外，有另一個神秘的次元「疊合界」，哈魯娜天生就擁有前往「疊合界」冒險的能力。在她尋求強大隱藏知識的旅程中，她將會學習如何控制這個讓她能夠引導並施展疊合界力量的獨特連結。

　　然而這趟旅程很快地就在哈魯娜成為「躍升者」的目標後，無法不引人注目。躍升者是一個祕密組織「閏年祕社」的分支，試圖利用疊合界改變人類歷史的走向。