本作冒險的舞台是以人與寶可夢共存的城市為目標，推動都市再開發的「密阿雷市」。因旅行而造訪此地的主角，將入住名為「旅館 Z」的老舊旅館。以這個地方做為據點，與在密阿雷市相遇的夥伴們一起挑戰城市裡發生的各種事件。

　　《寶可夢傳說 Z-A》的戰鬥不同於以往《寶可夢》系列裡 1 回合行動 1 次的模式，寶可夢會和訓練家一起移動，並同時根據訓練家的指示使出招式。除了屬性相剋之外，增添了替換寶可夢和選擇招式的時機、招式的可達範圍以及出招速度等新的遊戲要素，可以享受前所未有的寶可夢對戰也是本作的一大樂趣。