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　　《通靈戰士 幽靈艦隊與消失的英雄》故事講述某天主角「瑪洛妮」因幽靈船襲擊被迫與「亞修」分開，為了拯救「亞修」她在漂流地遇到了幽靈少女「雅普莉可」，並與她結伴，以復活傳說中的海盜船為目的展開冒險。

　　本作維持著系列作中將我方幽靈憑依到地圖上的物體，自由展開戰鬥的特有概念。更增加了可以直接將我方角色的靈魂憑依到主角瑪洛妮的身上進行變身，或是憑依到大砲或戰車上進行強力的攻擊等，可以體驗到更多豐富的戰略性及自由度更高的回合制模擬遊戲。