本作是在 Nintendo 64 上發售之《薩爾達傳說 時之笛》的完全重製版。畫面煥然一新，遊玩舒適度也大幅提升。

　　居住在科奇里森林的少年林克，某天被森之守護神「德庫樹長老」告知，自己原來身負拯救海拉魯的命運。為了對抗心懷強大野望的加儂多夫，少年林克和搭檔妖精「娜薇」一同離開森林，踏上旅程。而少年林克因為某個契機成長變為大人。由於小孩跟大人狀態能做到的事情以及可以使用的道具有所不同，關鍵便是在兩個時代之間穿梭，發揮各自的特長來推進冒險旅程。