《幽影行者 2》背景設定於後世界末日的賽博龐克世界，為《幽影行者》一代故事發生的一年後，曾經主宰人類最後的庇護所「達摩天塔」的暴君「密鑰師」已倒下，玩家將見證了主角虛空忍者「傑克」首次逃離達摩天塔的死亡陷阱後倖存，並探索廣闊的荒地。玩家擁有改造人類未來的能力，並與殘暴的生化忍者奮戰，試圖摧毀其在達摩天塔外經營的人工智慧邪教組織。